Las naves se cubren con bóvedas de crucería, con terceletes y combados. En el presbiterio hay una gran cúpula con linterna, que está decorada con pinturas murales. La puerta principal tiene un gran arco de medio punto resaltado, coronado por un escudo y por la imagen de San Sebastián, que contiene en su interior una puerta en arco de medio punto flanqueado por pilastras, rematándose por un friso de metopas y triglifos con un frontis y pirámides herrerianas. Tiene una ventana central en hornacina, que está culminada por un frontón partido. Contiene varios retablos barrocos de interés, entre los que destaca el Mayor, de estilo barroco churrigueresco, que es atribuible a maestros del taller de Siete Villas, de la primera mitad del siglo XVIII. El retablo de la Veracruz es también churrigueresco, aunque de cronología más avanzada, si bien las imágenes del Cristo Crucificado y la de María Magdalena, probablemente sean anteriores. Los retablos del Sagrado Corazón y el de la Inmaculada Concepción son de finales del siglo XVIII. Se conservan, además, algunas notables obras en el interior, por lo que se ha habilitado una zona de la misma para museo. Así, son destacables varios cuadros barrocos, entre los que destacan el de San Andrés que se atribuye al maestro José de Ribera, una copia del cuadro de la Sagrada Familia de Rafael y un cuadro de la Virgen de Guadalupe de procedencia mejicana. Entre las obras de platería son destacables una gran custodia de plata de 1760, dos lámparas mejicanas de plata y varios cálices.

Normalmente es una iglesia que siempre está abierta, pero para asegurarnos podemos ir antes o después de los oficios.